La Comisión Europea realizó un análisis del cual se concluye la necesidad de realizar una serie de modificaciones en el RD 975/2009, la mayoria de las cuales consisten en incuir determinadas definiciones contenidas en la Directiva que no se citaron en el Real Decreto 975/2009 y que, sin embargo, la Comisión Europea considera necesario incluir. Otras modificaciones propuestas por la Comisión Europea consisten en añadir en la mencionada norma reglamentaria la referencia a la Directiva 2003/4/CE del Parlamento Europeo u del Consejo, de 28 de enero de 2003, relativa al acceso del público a la información medioambiental y por la que se deroga la Directiva 90/313/CEE del Consejo, así como una referencia a la exclusión del ambito de aplicación del Real Decreto 975/2009, de 12 de Junio, de la actividad de inyección y reinyección de aguas subterráneas bombeadas, tal y como se exigen en la Directiva 2006/21/CE.
Por otro lado, con relación al requerimiento de incompetencia formulado por la Xunta de Galicia respecto al Real Decreto 975/2009, de 12 de Junio, mediante Acuerdo de Consejo de Ministros de fecha de 28 de agosto de 2009 se admitió que la disposición final segunda del mencionado real decreto no debe incluir el carácter básico de su anexo V. Mediante la modificación de la citada disposición final en este real decreto se cumple en lo acordado por el Consejo de Ministros.
Además se actualizará las remisiones normativas contenidas en las partes dispositiva y final del Real Decreto 975/2009, de 12 de Junio, de manera que las menciones de Ley 10/1998, de 21 de Abril, de residuos, se sustituyen por las de la Ley 22/2011, de 28 de Julio, de residuos y suelos contaminados. De igual manera, en la disposición adicional sexta del Real Decreto 975/2009, de 12 de Junio, se sustituye la mención del artículo 49 del Tratado Constitutivo de la Comunidad Europea por la del artículo 56 del Tratado de Funcionamiento de la Union Europea, precepto en el que actualmente se consagra el principio de libre prestación de servicios fronterizos.
Finalmente, la Decisión de la Comisión de 30 de abril de 2009 (2009/359/CE), por la que se completa la definición de residuos inertes en aplicación del artículo 22, apartado 1, letra f, de la Directiva 2006/21/CE, establece en su artículo 1.3 que los Estados miembros podrán elaborar listas de residuos que se puedan considerar inertes con arreglo a los criterios establecidos en la citada decisión. Mediante este real decreto se aprueba la lista de residuos de las industrias extractivas que se pueden considerar inertes que conformará, en sustitución de los actuales anexos I.A y I.B, el anexo I del Real Decreto 975/2009, de 12 de Junio. Al ser el dicho anexo de carácter básico, esta lista regirá para todo el territorio nacional. Asimismo, en el citado anexo se transcribe el método para la caracterización de los residuos de las industrias extractivas establecido en la Decisión de la Comisión de 30 de abril de 2009 (2009/360/CE), por la que se completan los requisitos técnicos para la caracterización de residuos establecidos en la Directiva 2006/21/CE del Parlamento Europeo y del Consejo sobre la gestión de industrias extractivas.